在澳洲，有大約1/3的純種狗由於基因上的缺陷而患有各種疾病，從症狀程度上較輕的臍疝氣（umbilicalhernias）到較嚴重的眼盲和腦部疾病，所見皆是。德國狼犬（在澳洲最普遍的犬種）罹患髖關節疾病的機率高於黃金獵犬；洛威拿（普及率僅次於狼犬）70%也患有相同的疾病。此外，有70%的牧羊犬患有基因問題造成的眼疾，且有10%導致失明，大麥町及白色牛頭梗則常有耳聾的毛病。
　　外科獸醫IanDouglas說：「在我的工作時間裡，有一半是在作脊椎矯正手術，那些病犬包括有臘腸、拉薩和北京狗。」近來，一些英格蘭牛頭梗則由於兔唇而遭安樂死；兔唇在此種狗中是很普遍的缺陷。
　　諸如此類的事例不斷發生坐，大丹狗和紐芬常有先天性心臟病，沙皮狗常有先天性的皮膚病；另外有一些狗，不只是心理上有病，更有智能上的問題。獸醫兼犬心理學家RobertHolmes表示：「有些可卡犬會過度緊張、頻尿；愛爾蘭獵犬常被認為太愚笨，他們甚至找不到栓著牠們的繩子的盡頭。」
　　超過300種因基因缺陷所造成的疾病，使患病的犬隻承擔極大的痛苦，飼主們在情緒上也受到影響，更別提昂貴的治療費用了。況且，這現象有越來越糟的趨勢，澳洲RSPCA（RoyalSocietyofPreventingCrultytoAnimal，英國皇家防止虐待動物協會）主席，是一位有三十二年經驗的動物外科醫師HughWirth認為：「某些純種狗，譬如貴賓犬和CavalierKingCharles獵犬，帶有謎一般的基因缺陷，除非經過遺傳學家來篩檢，不然的話應停止買賣。」

繁殖者們為了追求所謂的純種，大肆讓狗狗近親交配

　　一、違反自然淘汰的基因虐待
　　基因缺陷會危害生命。每一物種都有某些遺傳上的疾病。在自然界中，不適生存的生物皆會遭到自然淘汰，但在犬種的繁殖培育中則否。遺傳疾病不是偶然發生，在169種被ANKC十萬個會員認可的犬種中，許多培育出來的犬種，只是為了具有好看的外表，便於參加比賽或狗展，而為了符合外貌標準和維持血統純正，培育者通常采近親交配，導致犬隻的健康間題。
　　約五千五百年前的青銅器時代，狗的祖先就已開始為人類執行不同的工作，而做選擇性的培育。培育牧羊犬是為了牧羊；馬士提夫犬為了防衛；灰狗則是為了獵捕羚羊。在古中國的記錄中顯示。西元前3400年的皇帝伏義氏，還特地培養一種迷你犬做為冬天暖手之用。西元79年因維蘇威火山爆發被覆沒的龐貝城，有許多門上刻著「CAVECANEM」，即小心惡犬的意思。
　　大體而言。過去人們選擇健康活潑的狗，以便執行特定任務。譬如黃金獵犬是為隨著獵人搜尋獵物，跛腳的狗是不會被飼養的。但是近50年中，最普遍被飼養的犬種和近親交配，都只是為了外表的好看。什麼品種應符合什麼樣的「外型標準」，標準則是由一些育犬協會，例如FCI（FederationCynologiqueInternational）訂定。
　　「外型已從功能中脫離，這些被培育出的犬種，已不再保有狗的天性，牛頭犬和北京狗甚至已無法在野外生存。」雪梨大學教授小動物醫藥學的資深講師BillPorges如是說。「只著重於外型的美麗，卻有可能鼓勵繁殖不健康的動物，這是「不適者生存」，」RSPCA主席Wirth醫師也表示：「在有限的基因（geneticpool）中，繁殖所謂的純種狗，便需要硬下心腸去篩檢，但是沒有人這麼做。」目前犬類已面臨世界性的健康危機，只有極少數狗種能逃過此劫。

近親交配更容易引發遺傳疾病

　　二、外型標準只會帶來麻煩
　　研究者對基因缺損而引起的疾病所知有限，在數百種遺傳病症中，僅有32種可由基因試驗測出。生物學家對果蠅的瞭解還遠過於此，原因是全球的犬遺傳學家不到100人，而且僅在少數的大學裡工作，且時常需要籌募研究經費。
　　「缺乏研究經費」聽起來很不對勁！狗是澳洲家庭裡最普遍的寵物，約有38%的家庭養狗，僅31%的家庭養貓；根據寵物食品工業所做的市場調查，每年20億的寵物商品市場，與狗相關的產品即佔二分之一，那麼「誰該為受苦受難的狗負責？是育犬協會？是給狗外型設下標準的FCI？是繁殖者？或足一味想購買純種狗的消費大眾？」對於繁殖者與犬賽展示會來說，已很難回頭。回顧1862年11月，當第一場大賽在澳洲Hobart市舉行時，某些標準本身就不健康，巴吉特獵犬、尋血獵犬、聖伯納犬被要求須有下垂的上眼皮，如此造成多種眼睛方面的不適；可卡須有長長軟軟的耳朵，讓人望之生愛，但牠們的耳朵經常受到感染；德國狼犬須弓著後腿，髖骨傾斜，以看起來身形流線的步態站立，常造成髖關節脫臼。
　　當流行過後，狗兒們又會變成什麼模樣？「有一段期間，牧牛犬須有橡馬鞍一樣的微凹的背部，現在人們卻認為牠們的背應是硬直的。過去，牠們還須有較大的頭，像熊一樣。我們必須廢掉這些可笑的標準，否則就沒有人會在乎動物是否健康。」自1951年開始飼養牧羊犬的BereniceWalters表示。
　　就生物學角度而言，「外型標準」只會帶來麻煩。在維多利亞時代，人們培育英國牛頭犬的目的是為鬥牛，近親交配了一世紀，刻意培育出寬闊的肩膀和強壯的下額，卻由於基因上的問題，導致行走障礙。一隻所謂典型的英國鬥牛犬，可能會讓飼主花上好幾千澳幣的醫藥費，牠們常患有呼吸和心臟方面的疾病，此外尚有皮膚病與眼疾，這些都是基因缺損所造成的。事實證明，英國牧牛犬根本不能自然分娩。因為牠們頭太大、肩膀太寬，擠不過母犬的產道。
　　「飼主應可做的更多！」一位愛爾蘭獵犬的繁殖者DoreenRees說：「太多人買狗只為時髦，而不考慮能否照顧牠們。我聽過一個老笑話說：愛爾蘭獵犬太笨，找不到牽繩的另一頭。老實講愛爾蘭獵犬本來並不笨，但是牠們需要是適量的運動和足夠的空間，否則會因為太無聊而變得傻乎乎的。」營養、環境，甚至過滑的地板，都會使牠們受傷或生病，這些不單純是基因的問題。

多數主人並不瞭解自己的狗狗是否有潛在的遺傳疾病，一旦發病治癒率相當低

　　三、每年十三億美元醫藥費
　　當然，不是所有的純種狗都有基因上的問題，為工作而培育的犬種，較少有此類病症，Dogulas說：「灰狗很少發生髖關節脫臼的情形，因為牠們必須跑得很快，髖關節有缺陷的犬隻通常很小就安樂死了。」其他的工作犬類亦如此。
　　另一正面的例子，是美國CavalierKingCharles獵犬的俱樂部以壓倒性的票數，反對AKC為該犬所訂的標準，理由是：「AKC在意牠們的價值遠超過重視牠們的福利。」在美國，每年有大筆的金錢投人大賽，競爭激烈，就只為了達到頗具權威的AKC所訂定的標準，致使每年約有十三億元耗費在應付犬隻的健康上。
　　歐洲某些國家，例如瑞典，一些外型不尋常的狗種，像是皮皺在一塊的沙皮狗，是不被允許在註冊登記的，因為牠們被變形的太厲害，早已不是原來該有的樣子了。
　　「繁殖者並不情願去過濾不健康的狗。」WIRTH醫師表示：「有些人是因為小狗值錢，某些人認為淘汰是賠錢的做法，所以把牠們當寵物犬賣出，不給血統證書後繼續繁殖。」並非純種狗比其他的狗有更多基因上的問題，而是近親交配，增加了遺傳疾病發生的機會。大部分的遺傳疾病是因隱性基因引起，如果小狗能夠從父或母其中一方得到好的基因（或顯性基因），則疾病不會發生，但若父母雙方來自同一親緣，新生小狗就可能產生問題。
　　然而即使沒有潛在的基因問題，遺傳性的缺陷也可能發生。基因之間的生物交互作用非常複雜，在強化某些特性的同時，亦可能產生未預期的後果。獸醫師們相信，造成大部份牧羊犬視網膜發生問題的基因與基因之間（讓牧羊犬有長長的鼻子和靠近的雙眼），與被繁殖者特別強調的特徵有關。
　　四、還是必須從基因管制做起
　　負責的繁殖者會一步步的剔除有基因缺陷的犬隻，ANKC已成立遺傳疾病委員會，調查研究如何避免遺傳疾病，並用X光線檢查哪些犬隻可能會將有問題的基因傳給下一代，例如德國狼犬俱樂部，已用X光檢查過超過五千隻德國狼犬，並記錄下牠們的家族史。此外，牧羊犬的繁殖者也發表一份明細，公佈已知的腦部基因缺陷的帶原者，這種狗發病後會變得凶暴，且在兩年內死亡。
　　晚近新的道德觀得以建立，可歸功於九○年代人類對環境的尊重，使得消費者和繁殖者更清楚他們對動物和自然的責任；同時，也可能是受到法律的威脅。
　　現在的繁殖者已可利用科學方法，發現犬隻潛在的疾病，以避免不好的育種決定。美國已發展出利用電腦建立遺傳疾病的基本檔案，目前已有超過300種的犬基因問題建檔。另一項是PennHIP程式（一種髖關節疾病的檢測系統，可以仔細的測出髖骨在X光片上脫白的嚴重程度）。這項軟體業已上市，由國際犬基因美國公司推出，並已訓練獸醫師使用它。
　　但最終的解答還是在於一般的繁殖者和飼主，大家必須有共識－－那些被FCI訂下外型標準的800種左右的犬種，根本就是不適當的版本。雪梨大學獸醫心臟科醫師GeraldineHunt說：「如果不從最源頭－－基因方面著手，就沒有什麼方法可以改善問題了。」